雅各布大学提供两个英语授课硕士课程。每个硕士课程的学习时间为4个学期（2年）。每学年学费为2万欧元（不包括食宿费）。所有申请人均有机会获得每学年最高1.2万欧元的优异奖学金。
数据工程硕士（理学硕士）
研究证明大数据既具有巨大的潜力，同时也带来了重大的挑战。一方面，大数据正在推动下一阶段的技术创新和科学发现。另一方面，全球数据量的增长速度似乎难以控制。面对这些前景和风险，世界呼吁新一代的数据专家的出现。
数据工程项目赋予学生独特而深刻的洞察力来掌握大数据的方法和技术。大数据涉及关于数据采集、数据管理和数据分析的基础且先进的方法。在课程学习期间，学生能够获得良好的带薪实习机会并且研究相关项目。
数据工程师行业需求量很大。学习该课程的硕士可以在IT、金融、汽车工业、卫生和零售等领域工作。取得数据工程硕士学位的学生也有资格攻读博士学位，并在学术界和研究机构工作。
供应链工程与管理硕士（理学硕士）
很多行业需要经过设计、组织和管理复杂供应链网络培训的专业人员。详细了解供应商和供应链风险是关键问题，因为他们的表现直接影响到公司的生产和交付能力。因此，管理供应链的能力是全球经济取得成功的根本。
供应链工程和管理专业的学生将会学习如何启动、维护和重组业务流程，了解市场动态，掌握现代领导技能。他们发掘机会，为跨机构跨文化各方利益相关者创造价值。因此，该课程完全符合行业内外的需求。这些课程的目标是熟悉问题、掌握分析技巧和作出理性决策，体现了学习、研究和实践协调之间的综合平衡。
供应链管理是一个日益发展的行业，在德国和世界各地都有很高的需求。学习该课程的学生将成为互联商业世界的决策者。该校毕业生在汽车和航空航天行业、交通运输业、零售、采购、批发、咨询和信息技术等领域工作。