大学院系：医学系、口腔医学系、运动医学系、护校、研究生医学系、国际学生预科系、大学预科教育系。大学由70个教研室、14个临床诊所、4个科研所（药理学、心脏病学、肾脏学、肺病学）组成。

医学系和运动学系学期为6年，口腔医学系学期为5年。

专业科前四个学期的课程包括：

    基本原理和微生物学课程，人体解剖、生物和医学物理、生物学、普通化学和医学化学、生物组织学、生物化学、人体生理学 ；
    在第四和第五个学期上述课程还包括：微生物学、病理分析、病理生理学、普通药理学、普通外科、内部疾病的预防、和其它一些课程。
在完成了基本的微生物学习后，学生开始学习临床课程，这个期间他们有如下课程：外科、内部疾病（内科）、传染病、产科学和妇科医学、精神病学、神经疾病、皮肤病和性病学、和其它课程。口腔科系的学生在第四个学期期间开始学习专业课程，如整形外科、口腔病外科等。
    第三年重点学习生物体的普通病理学和症状学。药理学课程作为内科和普通外科和预备教育课程。
    第四、五、六年重点是在设备齐全的医院、产房、门诊诊所和急救站进行有组织的临床医学训练。
    巴甫洛夫国立医科大学附属医院有2000多个床位和一个大型的门诊部，专业是肾病学、肺病学、心脏病学。

    国际学生预科系：

    国际学生预科系于1967年开始建立，预科学期为一年。留学生主要学习俄语、生物、化学、物理，数学和信息学。对不同学生这些课程的选择，依据本科所选专业的需要。